La comunità ecclesiale Prenestina si raccoglie e nasce intorno alla testimonianza di fede estrema che, il 18 agosto del 274 d.C., Agapito ha donato a questa terra.

La diocesi prenestina si colloca nella regione definita del Latium Vetus, all’interno della quale si trovano le più antiche diocesi italiane, definite anche Suburbicarie. Il vescovo di Roma, infatti, sin dalle origini aveva un primato di supremazia sugli altri vescovi, che gli  derivava dall’essere il successore di Pietro, di quel Simonpietro che nel Vangelo di San Matteo viene introdotto come il primo degli apostoli e nel Vangelo di Giovanni considerato il Pastore dell’intera comunità dei discepoli del Signore, e quindi, nel tempo, considerato come vicario di Cristo. Le diocesi italiane più antiche nascono intorno a Roma, in uno sviluppo che sembrerebbe seguire le più importanti vie di comunicazione del tempo. Nel IV secolo erano, con il nome di suburbicarie, Porto, Ostia, Albano, Palestrina, Frascati e Sabina. La definizione di Suburbicaria sottintende, oltre la valenza territoriale, anche una valenza amministrativa e di esplicita importanza. Infatti solamente i vescovi delle diocesi suburbicarie, potevano, in determinati contesti, sostituire il Vescovo di Roma.

La carenza delle fonti documentarie rende molto complessa la ricostruzione della realtà storica in cui si sviluppano le prime comunità diocesane, dovuta alla quasi totale perdita dei dittici e dei cataloghi episcopali antichi formulati prima del IV secolo. Le ricostruzioni che spesso sono state fatte per colmare questo vuoto sono molto lacunose e spesso poco attendibili. Bisogna anche osservare che la produzione documentaria dei primi momenti del cristianesimo non è stata assolutamente consistente, come se lo sforzo evangelico che i predicatori andavano compiendo in Italia era esso stesso testimonianza per le comunità che si visitavano, senza il bisogno quindi di lasciare una testimonianza scritta.

Nonostante queste difficoltà, per la Diocesi prenestina si ha la certezza della sua esistenza, se non fondazione, attraverso la testimonianza scritta lasciata in calce ai documenti del Sinodo Romano del 2 ottobre del 313 d.C. Infatti il vescovo prenestino Secundus oppure secondo un diverso manoscritto Secundinus, partecipò al sinodo convocato dal vescovo di Roma Milziade in domum Faustae in Laterano, insieme a tre vescovi della Gallia e 15 dell’Italia, per discutere in merito a quella che poi sarà definita l’eresia Donatiana, in risposta ad una interrogazione che era stata formulata loro direttamente dall’Imperatore Costantino.

Le comunità cristiane delle origini si radunavano attorno alla figura del vescovo, che spesso andava a ricalcare e a ricoprire quegli incarichi amministrativi che prima erano in mano allo Stato romano. Figure di vescovi carismatici, pastori energici, che sapevano mantenere intorno a sé un’intera comunità. Sono i nomi delle prime guide della diocesi, trascritti in calce alle primissime risoluzioni sinodali, a testimoniare l’antichità e la forza della diocesi stessa. Quindi all’epoca di Costantino, appena quarant’anni dopo il martirio di Agapito, la comunità cristiana prenestina si era già costituita, affermata e rafforzata talmente tanto da essere chiamata a presenziare, attraverso il suo vescovo, a questo importante atto pubblico della nascente Chiesa cristiana. 

Molto probabilmente la comunità cristiana prenestina non si ritrovava all’interno delle mura cittadine, ma all’esterno. Infatti sono rarissime le testimonianze della nascita di sedi episcopali all’interno delle città, ma più frequentemente si rinvengono testimonianze lungo le vie consolari, presso i cimiteri cristiani delle origini, ancor più quando la comunità fonda la sua ispirazione di fede sulla figura di un Martire, come nel caso prenestino. La comunità delle origini aveva presumibilmente la sua sede episcopale ed amministrativa, nonché la Cattedrale, presso l’antico sepolcro di Agapito, in località Quadrelle, in una zona suburbana fuori le mura cittadine, su un’area su cui venne edificata e restaurata più volte una maestosa basilica a cinque navate, prospiciente ad essa la zona cimiteriale e la sede episcopale. Fu poi l’instabilità politica tra l’VIII e il IX secolo a spingere il vescovo prenestino ad abbandonare la primitiva sede extraurbana per la più sicura sede all’interno delle mura, traslando, nell’898, le reliquie del Santo Martire all’interno della Basilica Cattedrale di Sant’Agapito; così, abbandonata l’antica sede, scomparve per sempre dalla memoria.  

Viste le grandi difficoltà dello Stato Pontificio a mantenere  il primato del Vescovo di Roma sugli altri vescovi, nell’XI secolo vennero introdotte delle modifiche alle norme per le elezioni pontificie. Il collegio cardinalizio acquisì nuovo e più potere: composto all’inizio dal Vescovo di Roma e dai presbiteri delle 25 chiese titolari, furono ammessi anche 18 diaconi cardinali e i vescovi delle 7 diocesi suburbicarie. Nel 1059 a questa assemblea fu riservato il diritto di elezione del Papa. Ai Vescovi suburbicari inoltre spettava l’importante compito di provvedere per una settimana, a turno, al servizio liturgico nella basilica Laterana, la cattedrale del Papa.

Nel IX secolo la diocesi prenestina assorbì la diocesi di Gabii-Castiglione, dal 1298 al 1306, a seguito della distruzione della città per volere di papa Bonifacio VIII, venne ricostituita una nuova città ai piedi di quella distrutta, con il nome di Civitas Papalis, che sostituì così, per questo periodo, anche la titolarità della Diocesi. Alla morte di papa Caetani, i Colonna vennero reintegrati dei loro possedimenti e venne ripristinato anche il nome originario della Diocesi prenestina.

La Diocesi prenestina non ebbe ulteriori e nuovi cambiamenti, se non nel 1962 quando papa Giovanni XXIII con un motu proprio tolse ai Vescovi Suburbicari il titolo Cardinalizio, mantenendo quindi un Vescovo stanziale con pieni poteri per la gestione della Diocesi e lasciando semplicemente il Titolo Cardinalizio.