È retta nel 1985 dal vescovo monsignor Renato Spallanzani la parrocchia ha come sede l’antica chiesa di Santa Maria delle Grazie, della cui fondazione non si ha memoria. La prima testimonianza scritta è del 1573 quando il cardinale Della Rovere la affidò ai Carmelitani. Secondo il Cecconi l’erezione della chiesa è legata a un singolare prodigio. Una povera fanciulla mendicante il giorno per la città, si ritirava la sera in campagna fra una siepe di spine. Seguita da un giovane con cattive intenzioni fu vista più volte aprirsi prodigiosamente la siepe per concederle il passaggio.
Diffusasi la fama, la giovane, interrogata, disse con innocente semplicità ch’era ivi una “benigna Signora col Figliuolino nel seno” ad accoglierla dentro una cona. Propagatasi la notizia molti curiosi corsero a tagliare quello spinaio e vi trovarono un’immagine di Maria col bambino Gesù sulle ginocchia. In breve tempo tali e tanti furono i prodigi ricevuti dal popolo prenestino che in gratitudine vi eresse una piccola chiesa. Il famoso affresco della Madonna col bambino Gesù benedicente in piedi sulle ginocchia, risalente al XIV sec., coperto per centinaia di anni da un altro dipinto sempre raffigurante la Vergine Maria, fu riportato alla luce nel 2001 e restaurato dalla Sovrintendenza alle belle arti. La chiesa, eretta Santuario mariano cittadino da monsignor Domenico Sigalini nel 2015, ospita quattro dipinti recenti su tavola della pittrice Luigina Castellana raffiguranti l’Annunciazione, la Visitazione, l’Addolorata, l’Assunzione e tre dipinti del M° Simone Coccia raffiguranti i santi Protomartiri Agapito, Porfirio, il precettore del giovane martire, e Anastasio, suo carceriere.
In contrada “Quadrelle” sono presenti i resti dell’antica Basilica risalente al IV secolo, individuata nel 1864 dagli scavi promossi dal cardinale Luigi Amat, che custodì per un secolo il corpo del martire sant’Agapito, ogni anno meta di pellegrinaggio a conclusione della solennità del santo. Sono inoltre presenti tre luoghi di culto, uno dedicato a sant’Antonio di Padova, festeggiato 13 giugno; un altro intitolato alla Madonna detta “del Piscarello”, festeggiata la prima domenica dopo Pasqua; ultimo la chiesa di santa Maria dei Cori, eretta nel luogo del martirio di sant’Agapito. La parrocchia conta circa 2000 abitanti ed è sede di un centro Caritas. Si celebra quotidianamente l’Eucaristia preceduta dall’Adorazione eucaristica e dal Rosario.
Oltre all’attività di catechesi per i fanciulli, per gli adulti e al gruppo adolescenti post-cresima, è presente il coro parrocchiale e un piccolo gruppo di Ministri straordinari della comunione.
Sono attivi nei vari ambiti della parrocchia i membri dell’associazione pubblica di fedeli “Famiglia Apostolica per la Chiesa Madre del Buon Pastore”. L’anno pastorale ha inizio con la festa dei santi Protomartiri Prenestini a settembre e si conclude con la festa della Madonna delle Grazie a luglio.
Angie Tirelli Fernandez