Edificata da Marcantonio I Colonna agli inizi del XVI secolo con i proventi di una gabella appositamente istituita, la chiesa di S. Andrea venne probabilmente ricostruita sulle fondamenta di una precedente di epoca medievale, anch’essa dedicata all’Apostolo martire. Di questa epoca non rimangono testimonianze grafiche o documentarie che attestino la paternità della costruzione. Per alcuni storici locali è da attribuirsi ad artisti della scuola di Giuliano da Sangallo. Nel 1584 la chiesa non risulta ancora terminata nonostante avesse già in parte dei sotterranei, la cripta per la sepoltura dei Colonna e nella parte superiore, oggi coro absidale della Collegiata, una maestosa Cappella per monumenti funerari. Il progetto è dunque quello di un mausoleo colonnese, tanto che a S. Andrea, diversamente da quanto avverrà in altre chiese romane, verranno sepolti unicamente i Principi Colonna di Paliano. Nel 1623 il Capitolo di S. Andrea cedette definitivamente al principe il sotterraneo, permettendo così l’ampliamento della cripta e della chiesa. I lavori, estremamente complessi, dureranno per circa quarant’anni e comporteranno alla fine una completa rielaborazione progettuale da parte dell’architetto Antonio Del Grande, che si realizzerà propriamente durante l’epoca del Cardinale Girolamo Colonna (1639-1666). Nel corso dei secoli però, la Collegiata venne sottoposta a diversi interventi di rifacimento, che ne hanno alterato in parte l’aspetto originale. Nel 1933, in occasione del terzo centenario della traslazione dell’immagine di Zancati, la Collegiata fu interessata da numerosi interventi di consolidamento e di restauro, resisi necessari a causa dei danni provocati dal terremoto nel gennaio del 1915. Così, i pilastri della navata, le lesene e gli altri elementi architettonici, in origine di peperino grigio, vennero intonacati e dipinti a finto marmo.