L’originaria chiesa di Santa Maria risale alla fine del X secolo. Fu poi trasformata in cimitero, oggi al di sotto dell’attuale pavimentazione del santuario. Nel 1356 Pietro IV di Giordano Colonna affidò la parrocchia ai religiosi eremitani di Sant’Agostino che fin dal 1278 dimoravano nel monastero di San Francesco fuori le mura del paese, che, abbandonato, crollerà nel XVI secolo. Sopra la chiesa, dedicata già alla Madre del Buon Consiglio, si iniziò la costruzione di una seconda chiesa rivolta ad ovest su “via di Palazzo” (ora Corso Vannutelli) dove erano sorti i palazzi dei nobili cortigiani. L’apparizione dell’immagine miracolosa di Maria, segnò un momento fondamentale per la storia della chiesa: la tradizione vuole che l’immagine si sia staccata da una chiesa di Scutari in Albania, all’arrivo dei musulmani, e abbia raggiunto la chiesa di Genazzano accompagnata da una schiera di angeli durante il vespro del 25 aprile 1467. L’immagine sacra andò a posarsi su un muro della chiesa che in quel tempo la Beata Petruccia, vedova e terziaria agostiniana vissuta nella seconda metà del 400, aveva iniziato a costruire fra mille difficoltà e che venne concluso in poco tempo grazie alle elemosine dei pellegrini. Maria è raffigurata con espressione dolce e malinconica, il rossore delle guance, secondo l’infiltrazione della luce, assume tonalità differenti; il bambino accosta il capo alla guancia della Madre e con il braccio le cinge il collo. Tra il 1621 e il 1624 la chiesa venne ingrandita; qualcuno propose di segare il muro sul quale si trovava la Santa Immagine e posizionarla sull’altare principale per conferirgli maggiore importanza. La proposta fu respinta poiché l’immagine sacra doveva restare nel luogo che la Madonna stessa si era scelta. Il Santuario-parrocchia Santa Maria del Buon Consiglio viene officiato dai Padri dell’Ordine di Sant’Agostino: Agostiniani (OSA).