La chiesa di Santa Maria Maggiore venne fondata secondo la tradizione da Papa Semplicio nella seconda metà del V secolo entro il territorio di una antica villa romana. Più probabilmente, tuttavia, la fondazione della chiesa è posteriore e può essere collocata verso il IX secolo quando si insediò a Tivoli una comunità di monaci benedettini. Nel 1100, grazie all’aiuto del pontefice Eugenio III, venne ingrandita la chiesa e l’annesso monastero. Nei tempi successivi la chiesa passò a vari Ordini fino quando, nel 1241, venne affidata ai frati conventuali i quali si insediarono soltanto a partire dal 1256. Nel 1461 passò poi ai frati minori e prese il nome di chiesa di San Francesco anche se il tempio è stato sempre nominato come chiesa di Santa Maria Maggiore o di “Nostra Donna”. Alla metà del XVI sec. il complesso francescano, chiesa e convento, subì radicali trasformazioni a causa della costruzione della Villa d’Este: il convento venne in parte demolito e la facciata della chiesa fu realizzata sull’antico fianco del monastero. Alla fine del XVII secolo risale anche la fondazione del campanile (1590) commissionato dal padre guardiano Costanzo da Roma, lo stesso che fece eseguire l’altare maggiore. Tra le opere più importanti al suo interno una tavola, veneratissima a Tivoli, della Madonna delle Grazie copia della Madonna dell’Ara Coeli eseguita da Iacopo Torriti. Sull’altare Maggiore due trittici di cui uno del XVI secolo attribuito a Bartolomeo Bulgarini, senese, monumentale; parti di pavimento cosmatesco, resti di affreschi trecenteschi sulle pareti del presbiterio.