Il Santuario della Madonna delle Grazie è situato su un colle adiacente la piazza principale di Capranica Prenestina. Le origini del Santuario non sono certe, ma diversi studi e ritrovamenti in archivi  fanno pensare che la prima costruzione della chiesa (probabilmente un tempietto) risale alla prima metà del XVI secolo;  poi verso la metà per 1700 fu costruita la chiesa in onore dapprima di San Leonardo e succesivamente dedicata alla Madonna delle Ginestre divenuta poi Madonna delle Fratte.

La tradizione popolare racconta che in tempi lontani un pastore di Castel S.Pietro (paese a pochi chilometri da Capranica Prenestina) che si trovava con il proprio gregge in quel luogo, trovò in mezzo ai cespugli (alle fratte) un quadro raffigurante la SS. Vergine Maria con in bambino Gesù in braccio che il pastore portò  con se al rientro al suo paese. Il giorno successivo però lo stesso quadro tornò miracolosamente a Capranica nel luogo dove fu trovato in mezzo ai cespugli. In quel luogo fu quindi eretto un tempietto con all’interno il quadro delle Madonna. Probabilmente negli anni a venire fu ampliato varie volte fino alla metà del 1700 quando fu costruita una chiesetta più capiente e un scalinata di accesso dalla piazza del paese.

La chiesa fu gravemente danneggiata nel bombardamento del 1944 e  il quadro originale della Madonna datato 1545 fu praticamente distrutto. Subito dopo l’evento bellico la chiesa fu restaurata sotto la direzione dell’allora Genio Civile. Il quadro della Madonna con il Bambino Gesù, grazie alla preziosa opera del pittore Giovanbattista Conti che lo ridipinse, è stato ricollocato nella chiesa  l’11 aprile 1947.

Negli anni ’70 a seguito di interventi di manutenzione sono stati riportati alla luce parti di interessanti affreschi che nel restauro del dopoguerra non sono stati opportunamente salvaguardati. Riportiamo di seguito quanto scritto in proposito dal Presidente della Confraternita Madonna delle Fratte Amedeo Mazzi nel 2002:

“Il 3 settembre 1971, a seguito di raschiature praticate sulla parete di fondo della chiesetta rurale, è venuto alla luce un frammento di un antico affresco: la faccia del Bambino Gesù in atteggiamento di sereno abbandono sul petto della Vergine Santissima; dell’interno scomparso dipinto è visibile soltanto il detto frammento. Secondo la testimonianza del cav. Tommaso Frezza, del Sig. Leonida Orsi e di altri, l’interno affresco, oggi distrutto, occupava la parte << in cornu Evangelii >> della parete, mentre la parte centrale era occupata da altro affresco raffigurante San Leonardo, attualmente ricoperta da intonaco. L’esame del reperto venuto alla luce mostra una fattura pregevole, che potrebbe essere collocata al sec. XVI, e forse anche a data anteriore; è presumibile che, anche l’affresco centrale, oggi ricoperto da intonaco, sia databile alla stessa epoca. Non posso qui esimermi dal segnalare e recriminare l’opera deleteria di chi diresse – per conto del Genio Civile – il lavoro di restauro della chiesetta, effettuato appena dopo l’ultimo conflitto mondiale. Il rinforzo della parete ed ogni altra opera di restauro sarebbero state egualmente efficienti e perfette se si fosse evitata l’applicazione dell’intonaco sugli affreschi ivi esistenti. Chi potrebbe dimostrare, oggi, che essi siano opera di artista valente? A quale scopo deturpare, senza ragione alcuna, delle opere che, sebbene di scarso valore artistico, sarebbero tuttavia, una preziosa testimonianza dei tempi trascorsi? Vero è, peraltro che la fede della nostra gente non ha bisogno di opere d’arte per manifestare e testimoniare la venerazione e l’amore verso al Vergine Santa. Prova ne sia che, nei periodi in cui il piccolo Santuario è aperto al culto, esso è meta per ognuno e asilo quotidiano di serenità e di pace. Le testimonianze d’amore dei capranicensi verso la Madre Celeste sono i numerosi doni visibili nell’antico tempietto; candelabri, lampadari, suppellettili d’uso e oggetti occorrenti ai sacri riti. Come anche di tutti i capranicensi è stato il contributo offerto per il rifacimento della copertura della chiesetta rurale, e saranno di essi sicuramente i futuri contributi per gli eventuali lavori di ampliamento e di ornamento che verranno effettuati al piccolo Santuario. ”